Ембриотрансферът може да се извърши на 2-ри, 3-ти или 5-ти ден. Гинекологът и ембриологът обсъждат с пациентите качеството на ембрионите и заедно вземат решение на кой ден да ги трансферират и колко от тях да бъдат пренесени в матката. Обикновено се трансферират 1-3 ембриона. Понякога може да препоръча да се изчака развитието на ембриона до пети ден, известен като стадий бластоцист.

Трансферът на Бластоцист става все по-популярен при ин витро оплождането, тъй като това може да увеличи шанса за успех и да намали вероятността за близнаци, тризнаци или повече ембриони. Определеният брой ембриони, получили най-висока оценка при подбора, се прехвърлят в матката на пациентката през тънък пластмасов катетър, който преминава през маточната шийка (цервикалния канал). Процедурата отнема само няколко минути и е безболезнена, поради което не се налага анестезия. След трансфера пациентката трябва да остане в покой 1-2 часа. В редки случаи обаче се ползва такава, ако цервикалния канал на жената не е лесно достъпен и манипулацията причинява болка. Ембрионите се поставят така, че да достигнат най-горната част на матката.